Die Modellierung von Molekülen und deren Interaktionen ist komplex und sehr rechenaufwendig. In diesem Video erfahren Sie, welche Prozessoren für die molekulardynamische Modellierung mit den Softwarepaketen GROMACS und NAMD am besten geeignet sind.
Biochemische Moleküle wie Proteine, Lipide und Nukleinsäuren weisen eine komplexe Struktur und komplizierte Wechselwirkungen auf. Diese Wechselwirkungen zu berechnen und Molekülinteraktionen in komplexen System vorherzusagen, ist seit den 1950er Jahren Gegenstand der Molekulardynamik.
In den 1990ern wurden von verschiedenen Forschungsgruppen die beiden Softwarepakete GROMACS und NAMD entwickelt, die eine Modellierung molekulardynamischer Vorgänge ermöglichen. Die Berechnungen sind allerdings sehr aufwendig und benötigen daher hochleistungsfähige Computersysteme.
Welche CPUs dafür am besten geeignet sind, zeigt dieses Video
Sie erfahren,
- welchen Einfluss Taktfrequenz und Kernzahl auf die Performance von molekulardynamischen Simulationen haben
- wie verschiedene CPU-Systeme bei GROMACS und NAMD abschneiden